Teen skripti, mis automaatselt viskab valitud failid serverisse aga kuidagi ei õnnestu panna tervet kausta saatma. Kellelgi on midagi kavalat pakkuda?

Pakkimine ei sobi sest failid peavad üleval olema lahtised.
Ehk on mingi kaval käsk veel peale 'put' ja 'mput'i?

See pole HTMLi ega php-ga lahendatav. Pead tegema (või leidma) mõne java- või flashipõhise üleslaadimislahenduse. Ise soovitada ei oska.
Teine võimalus on siiski failid kokku pakkida, üles laadida ja php-ga lahti pakkida. Link

Siinamaani lahendasin asja shelli skriptiga aga kui php-ga saab kogu krempli kokku lasta, üles lasta ja seal jälle lahti siis peaks kindlasti uurima.

kui ftp klient toetab siis on su sõbrad käsud mput ja mget

vt http://www.robvanderwoude.com/ftp.php vms

Sellega ma saan ühe kausta sisu ehk * (kõik failid) üles lasta aga kui failide seas on kaust siis psiatb karjuma.

Tavaline FTP klient on üsna loll. Paigalda NcFTP ja kasuta selle "ncftpput" käsku. Seal on kõik möllud olemas, kaasa arvatud rekursiivne upload (-R lülitiga).